L'assainissement des eaux usées consiste à nettoyer l'eau de ses déchets et la dépolluer avant le retour au milieu naturel. Garantir la qualité de l’eau et la rendre à la nature, tout en préservant l’environnement, est une priorité. La Communauté de communes Champagnole Nozeroy Jura assume la compétence « Assainissement » depuis le 1er décembre 2000.
Deux types d’assainissement sont à différencier :